David puede hacer cosas por su cuenta a medida que va aprendiendo exponencialmente, cierto. Pero al mismo tiempo se muestra fiel a Weyland toda la película, incluído el diálogo con el Ingeniero, en el que como ya sabemos según lo declarado por el filólogo que contrataron, le dice justo lo que Weyland quería. Yo entiendo que el sentido de la escena con Holloway es ese, obedecer a su creador, aunque luego David se tome la licencia de actuar como prefiera.