NG+ empieza en mitad de la trama. Por lo tanto todas las misiones secundarias no terminadas o empezadas no serán ya accesibles. ¿Son importantes? Todas no, muchas son sólo para completistas. Las misiones secundarias más importantes (las que te dan armas) se puedan hacer en NG+
Y sobre decisiones que afectan tu partida o guardado…si has encontrado todas las armas en tu segunda partida, puedes elegir el final al final de la tercera partida. Es importante elegir la primera opción primero al final del todo. Si recuerdas lo de Automata al final del todo, sabrás que ocurrirá si eliges primero la segunda opción…
También han añadido un quinto final nuevo, pero para eso hay que tomar la segunda opción al final de la cuarta partida y al empezar la nueva partida utilizar un nombre diferente.