En cine no se pueden hacer reglas generales. Hay películas que piden una narración lineal y otras que piden flash-backs. Para la historia de Donner prefiero narración lineal, para lo que cuenta Man of Steel es mejor los flash backs. No es una decisión caprichosa o estilística, el tema de la película de la identidad, de cómo nuestra herencia y nuestro pasado nos dan forma en el presente es el que marca esa narración.
En los comics antiguos también moría, tanto en la golden age como posteriormente (sale una de ellas en la lista). No es una parte integral de la historia del personaje, como el tío Ben o los padres de Bruce Wayne, pero la muerte de Jonathan Kent sí está en la tradición de los comics.
¿A qué comics? Porque también se ha representado de formas distintas. Si te refieres a Byrne, en los extras de la serie de animación de Superman cuentan cómo decidieron alejarse de esos diseños para dar la idea de un planeta más acogedor y vivo.Y sobre la recreacion de krypton, la mas cercana a los comics es la de bruce timm.
En cambio, el Krypton de Byrne es la principal influencia del de Snyder (y se muestra así en los extras del BD, por cierto).