Esto no es nuevo. En las 5 películas anteriores sólo usaron dos villanos de los comics, Luthor y Zod.
De todos modos, yo creo que en este caso Zod es el villano adecuado a la historia que se cuenta, ya que uno de los temas principales es la identidad, el conflicto entre la herencia kryptoniana de Superman y su formación terrestre. De esa manera, el desenlace es más dramático, porque SupermanSpoiler:
Y es que yo no creo que el concepto sea "vamos a hacer todo distinto a Donner", porque entonces la película estaría también determinada por la de Donner. Simplemente, se decidió crear una nueva versión independiente de la antigua, pero me parece bien que si para la historia que se cuenta necesitan a un villano ya usado por Donner (o cualquier otro elemento) lo usen sin problema.