En mi opinión , yo creo que simplemente le quisieron dar una vuelta de tuerca a los personajes del Padre verdadero y el putativo de Clark Kent.
En Donner era Jor-El el padre que prohibía, que restringía a Kal-el: " te esta prohibido intervenir en los asuntos de la humanidad", le estaba prohibido enamorarse si lo hacía tendría que ser un humano más, etc.
En cambio Jonathan kent era el que lo motivaba a hacer uso de sus poderes en bien de la humanidad: " si estás aquí es por alguna razón".
Ahora en MOS parece que se volteó la situación un poco : quizás fue a posta para distanciarse de la versión de Donner.
Lo que puedo decir es que tan incongruente me parecen los consejos que le da a Clark esta nueva versión de Jonathan Kent como me parecen incongruentes también y además injustos las restricciones que le ponía Jor-el en Donner.