Yo tengo un DS1513+ con unos dos mil discos en FLAC/DSD (a parte de las pelis) en la misma configuración que dices (con carátulas incrustadas) y solo tarda un poco en indexar la primera vez que vuelcas muchas carpetas de golpe desde fuera del NAS, a medida que vas cargando discos nuevos, se indexan automáticamente sin problemas.

Con las pelis tarda algo más, recuerdo que cuando compré el NAS y volqué muchas pelis en MKV desde un disco externo tardaron en visualizarse bien desde el BluRay a pesar de verse todas las carpetas correctamente en su ubicación (empezaban las pelis y a los pocos minutos se colgaba la imagen). Tuve que dejar encendido el NAS un par de días seguidos para que fuera "asimilando" tanta información. Pero ya te digo, con los archivos de música, ni un problema.

Un saludo del Oso