Muchas gracias! Ya me he animado y he dejado sólo 1 partición de tipo ext3.

Sólo unos consejos por si alguien más se anima:
- El programa ext2fsd ya va por la versión 0.48a. La página de descargas es http://sourceforge.net/projects/ext2fsd/files/, y debería ser siempre la misma aunque actualicen la versión. Se debe descargar el .exe
- Ojo al formatear el Q800. Yo no formatee el disco duro de mi ordenador de milagro. Chequear que el tamaño de la partición que queréis formatear se corresponde con el del cubo. En mi caso, las particiones del cubo empezaban por s (sda) y las del disco duro por h (hda). Si no vais con cuidado y os equivocáis la liais.
- Yo tenía dudas de cuáles de todas las particiones formatear. Al final formatee sólo la sda1, que creo que es lo que hay que hacer. Antes había reformateado el Q800 desde el propio menú del cacharro para dejar sólo una partición FAT32 y me pulí la NTFS.
- Si hacéis la copia de seguridad que os comenta Huexxx, al volver a copiar el debin-4g.ext3, respeta las configuraciones y demás programas instalados: transimssion, ftp, etc.

De momento sólo he tenido una noche descargando, pero parece que va muy bien, así que Huexxx, gracias por tu aporte.

s2