La historia comienza con Cole luchando contra la Bestia en Empire City años antes de lo que Kessler había predicho, sin embargo el poder de dicho enemigo es mucho mayor y Cole se ve obligado a escarpar para salvar su vida. Junto con su amigo Zeke, ambos viajarán a New Marais, inspirada en Nueva Orleans y lugar de nacimiento de “Los Primeros Hijos” y de la Esfera del Rayo, para preparar a Cole para derrotar a la Bestia mientras descubre los secretos de “La Milicia”, un siniestro grupo liderado por un hombre llamado Bertrand. Dicho grupo ha tomado el control de la ciudad sureña con el objetivo de aniquilar a cualquier humano y criatura que posea poderes.
El viaje de Cole le llevara a enfrentarse a este grupo, explorando “New Marais”, descubriendo cosas de sí mismo, de Kessler y su pasado así como de “Los Primeros Hijos” mientras su terrible enemigo le acecha.
