Hola, León, ya que tienes abierto este hilo y parece apropiado para tratar de corregir esos problemas que indicas, te comento algunas cosas y vas probando.
Primero, tu AVR tiene la versión Audyssey MultEQ, hay diferencia entre las distintas versiones en cuanto a la resolución que aplica en la corrección.
Todas las versiones de Audyssey corrigen filtros, polaridad, retardos y niveles, desde la versión MultEQ (la que implementa tu Marantz) aplican corrección de baja frecuencia (no he encontrado información más concreta, entiendo que sin límites), respecto a las posiciones que mide, no me preocupa en exceso, máxime si nos centramos la mayoría en un punto de escucha, el nuestro (no es abuso, suele ocurrir que salvo a nosotros, al resto de la familia le preocupa poco la excelencia y se conforman con menos, ojo, esta crítica bien entendida, es una ventaja; cuanto más sabemos, más desgraciados somos precisamente por ser conscientes).
Lo que sí marca diferencia es la resolución del filtro que aplica (entiendo que se refiere a la ecualización), mucho más precisa tanto en los graves como en el resto de canales, sobre todo en la última versión, MultEQ XT32, esto quiere decir que será más precisa la curva de corrección aplicada (del tuyo a la última versión, 4 veces más resolución).
Este es un punto en contra sobre lo que dicha corrección puede dar de sí respecto a otros modelos de AVR.
Pero hay más, la sala misma, no todas las proporciones (ni tamaños) ofrecen los mismos resultados, básicamente cuanto menor sea la sala, y si las medidas de cada eje (suponiendo superficies paralelas, la mayoría de habitáculos en viviendas habituales) coinciden o son múltiplos enteros (un eje de 5 metros, alto de 2,5 por ejemplo), peor es la sala para la interacción con el sonido, sobre todo en el extremo bajo, respuesta modal y por debajo de la zona modal, compresión.
Qué podemos hacer, en cualquier caso, aun con los peores condicionantes. Dejar libertad de movimiento, al menos al subwoofer, es decir, buscar la menos mala de las posiciones, donde la interacción modal de la sala provoque las menos, en cantidad o en amplitud, variaciones de la respuesta ideal (pocos y poco marcados picos y valles). Para ello, no es plan de ir moviendo subwoofer y probando, hay dos alternativas, simular con algún soft (los hay gratuitos) para buscar esa posición, o a oído colocando el sub en la posición de oyente, pasearnos nosotros buscando donde percibamos un grave más controlado (reproduciendo un ruido rosa por el propio sub), ojo, hablamos desde la posición del sub, luego hemos de bajar la cabeza (altura del oído) a la posición donde irá el sub (cuidado de no hacer en presencia de familiares o amigos, mejor no explicar qué hacemos, o nos tomarán aun por más locos).
Saludos.
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... y yo sufriendo con mi equipo 50 veces mas caro>(