La isla es una especie de purgatorio en la Tierra, es decir, un lugar donde puedes redimirte de tus pecados o no, donde se te a la opción de purificarte. ¿Quiénes van a la isla? Todos los que se arrepienten de haber hecho algo mal en su vida, o los que acarrean un peso con ellos y no saben cómo seguir adelante, qué hacer con sus vidas. ¿Por qué, cuando Jack, Kate, Sayid, Ben, Hugo etc. salen de la isla en la cuarta temporada, sienten después la necesidad de volver? Porque necesitan a la isla para acabar de purificarse, para darle un sentido a sus vidas. Los que eligen hacer el mal o no se arrepienten de sus pecados se quedan atrapados en la isla (de ahí los susurros, y además ya lo dijo Michael en su última aparición).
¿Por qué no pueden nacer niños en la isla? Porque los niños son almas puras que no tienen pecados que lavar. Aaron nace allí porque la isla "sabía" que después saldría de ella (de ahí que Claire se le apareciera a Kate una vez fuera diciéndole que no se le ocurriera llevarle de vuelta). El embarazo de Sun sigue adelante porque Ji Yeon nacería fuera de la isla, y Nathan lo mismo, siendo aún un niño tendría la posibilidad de salir de la isla cuando se desata la alarma en Villa Dharma antes de que se produjera el famoso incidente.
Esos poderes especiales que tiene la isla están gracias a la luz que aparece cuando se le "pone el tapón" al corazón de la isla. Mientras hay luz hay esperanza (en este caso, esperanza de cambiar y elegir hacer el bien mientras la isla exista y no se hunda). Por eso cuando destapan ese tapón el Hombre de Negro/Falso Locke pierde sus poderes, al igual que Jack. A Richard le empiezan a salir canas cuando Jack le toma el relevo como sucesor de Jacob protegiendo la isla.
¿Por qué no hay isla en la realidad alternativa? Porque nadie necesita ir allí para elegir entre el bien o el mal. Lo único que necesitan los que están en esa realidad alternativa o purgatorio es reencontrarse y prepararse para "seguir adelante" (no todos lo están, Ben por ejemplo aún necesita un tiempo antes de seguir, seguramente para hacer con Rousseau y Álex lo que no consiguió hacer en vida. Lo mismo la madre de Faraday, Faraday y Charlotte).
La realidad alternativa es el purgatorio, una realidad falsa donde todos puedan reencontrarse antes de "seguir adelante" (me gusta que no se sepa lo que hay detrás de esa luz que se ve cuando Christian Shepard abre la puerta de la iglesia, o sea, que los guionistas hayan dejado que el espectador "elija" hacia donde "siguen adelante". Los que crean en la reencarnación dirán que se reencarnan, los católicos dirán que se van al cielo, etc. De hecho en una de las vidrieras de la iglesia están representadas con símbolos varias religiones, la cruz católica, la estrella de David, una rueda budista...). Jack, como bien le dice Locke, nunca ha tenido un hijo, pero esa realidad lo crea para que pueda redimirse por la mala relación padre-hijo que tuvo con su padre.
En la muerte no existe el espacio ni el tiempo, por eso están todos en la iglesia juntos, aunque unos hayan muerto antes y otros después. Para Jack esas eran las personas con las que había compartido los momentos más importantes de su vida y por eso necesita estar con ellos antes de "seguir adelante", lo mismo con los demás. Faraday, Charlotte, Lapidus, Miles, Ben, Alex, Rousseau... todos ellos tendrán después sus correspondientes reuniones en la iglesia antes de "seguir adelante".
No significa que todos hayan tenido que morir a la vez para encontrarse al mismo tiempo en esa iglesia (Kate, Sawyer, Miles, Lapidus y Claire logran salir de la isla cuando Jack muere en ella, por eso cuando Kate se reencuentra con Jack en la realidad alternativa ella le dice que le ha echado mucho de menos, porque se supone que ha vivido muchos años más al salir de la isla antes de reencontrarse con Jack en ese purgatorio). ¿Por qué aparece Aaron en el purgatorio? Porque Jack le conoció como un bebé y así es como le recuerda. Obviamente, Aaron moriría de viejo pero en esa iglesia aparecen todos como Jack les conoció. Es lo que Jack ve.
La guerra Jacob VS Humo Negro representa el BIEN contra el MAL, la FE contra la CIENCIA. Jacob decide tener fe en que el ser humano decidirá hacer el bien, proteger la isla para que otros puedan dar con ella y hacerse buenos antes de "seguir adelante". El Humo Negro representa a la ciencia, el que busca explicaciones con base empírica (por ejemplo con la rueda del pozo) para salir de la isla antes de poder purificarse. Finalmente su espíritu se queda atrapado en la isla con forma de humo negro y utilizando la apariencia física de otros para irse cargando a los candidatos de Jacob (por ejemplo, cuando toma la forma de Walt para que Ana Lucía se cargara a Shannon). Otros que hicieron el mal o que no se arrepintieron de haberlo hecho, como Michael y el Sr. Eko, se quedan atrapados en la isla como almas en pena. De ahí los susurros que se escuchaban a veces en la selva.
Yo desde luego con este final me quedo más que satisfecho y me parece que responde a toda la serie en general. Si ya vas buscando cosa por cosa todo lo que no se ha respondido de forma concreta puedes no dar con una respuesta clara, pero eso es parte del misticismo de la serie.
, por eso digo o me gusta pensar tras terminarla que la serie es sobre Jack...así me contento algo más a pesar de no saber de la vida de los que quedan en la isla o los que se van en el avión. 
