¿Es posible que la pausa sea debida al cambio de capa?, porque eso es lo habitual.
Respecto a lo de los pixeles, eso puede ser debido a fallo de tu copia. Si siempre te pasa lo mismo en la misma zona (pruébalo varias veces), es que el disco está dañado ahí. Si sólo te lo ha hecho una vez, puede ser debido a una mota de polvo u otra porquería.