El SB12 es superior y más barato (algo más de SPL, baja algo más en frecuencia). La desventaja es que el ampli es menos fiable que el del sb-1000, además está descatalogado y si quieres añadir más tarde otro(s) iguales, puedes tener problemas. El Sb-1000 es el más compacto, por si el tamaño es importante.
El SB12 tiene un ruído "blanco" de fondo que a algunos usuarios les molesta, aunque es muy poco probable que puedas oirlo. El SB-1000 tiene un LED azul muy brillante que a algunos usuarios les molesta. El SB12 tiene un LED para el limitador que es muy útil para saber si el subwoofer está llegando al máximo o no.
Toma la decisión en base a estos hechos, no tiene más ciencia. El sonido de ambos es por lo demás muy similar.
EDIT: también puedes considerar el pb-1000 si buscas terremoto y no tienes problemas de espacio.
Para usar dos has de saber cómo ajustarlos, no sé si Supersonido te asesora... El segundo subwoofer te da entre 3 y 6dB de ganancia y permite un grave más equilibrado y mejor distribuido por la sala.