Todos hemos tenido problemas con alguna o algunas agencias de transporte en la recepción de pedidos pero hombre me parece exagerado en este caso que le abras una disputa a paypal para cancelar el pedido a la tienda en si con lo que esto les puede causar (si es una empresa pequeña, si es una grande pues ya estaran mas curados de espanto e incluso pasarian), cuando en verdad hasta donde ellos han podido han cumplido.

Por otro lado a la tienda o web indicales la incidencia con la agencia de transporte y te quejes, se lo comentes para que cambien el servicio porque es posible que por ese motivo puedan tener mala reputación o tener menos ventas y es suponible que puedas recibir x compensación o al menos las disculpas por los problemas causados.

Pero donde debes incidir en quejas y reclamciones es a la agencia de transporte, donde si seria recomendable que eleves hasta lo mas alto que puedas.

saludos