La película está rodada en los dos formatos simultáneamente, así que ambos encuadres son correctos. Kubrick empezó hacerlo así, si no recuerdo mal, con La Naranja mecánica después de ver un terrible pase de 2001 en televisión. Otra cosa es que a uno le guste más un formato o otro. Y dada la preferencia que tenía Kubrick por el equilibrio y la simetría en los encuadres es muy normal sentir preferencia por el formato cuadrado aunque sea a costa de las franjas negras laterales.

Y sí, que yo sepa solo se conserva este formato en los primeros DVDs que se editaron.

Pero repito, ambos encuadres son correctos y muy bien pensados a la hora de componerlos en el rodaje.