Tu pregunta original era si usando las entradas multicanal analógicas y en modo pure direct el DAC interno del yamaha estaba en el trayecto de la señal. A esa pregunta la respuesta es NO. En pure direct, y usando una señal analógica en la entrada, la señal siempre se mantiene en el dominio analógico dentro del Yamaha y no pasa por el DAC.
En el modo Pure Audio el DAC no está en el trayecto de la señal en el caso de que se use una señal analógica PERO si usas una señal digital (como es la salida coaxial de tu reproductor de CDs) por supuesto esa señal habrá que convertirla a analógica y en ese caso SI que se usará el DAC interno del Yamaha cuando uses el modo pure direct. La diferencia (usando una señal digital como la coaxial de tu CD) es que en el modo pure direct usando una señal en origen digital, y aparte de la conversión digital/analógica, no hay ningún otro tipo de procesado posterior de la señal (como por ejemplo el YPAO o los DSPs).
Un saludo.
P.D.: volviendo a tu pregunta original. Si usas un DAC externo conectado a la salida coaxial de tu CD la salida de este DAC externo será analógica, y si conectas sus salidas analógicas a una entrada analógica (p.ej. Multicanal) del Yamaha usando el modo pure direct, entonces el DAC del Yamaha no se usará manteniendose la señal dentro del Yamaha siempre en el dominio analógico.