Si, ese es un problema que habremos sufrido todos con iTunes + iPod mas de una vez.

Yo tambien gestiono de forma manual mi biblioteca, creando las carpetas que yo quiero y organizando a mi modo la musica, para eso debes desactivar una opcion (Edicion > Preferencias > Avanzado : Mantener organizada la carpeta iTunes Music). De este modo añades carpetas y archivos a la biblioteca desde el lugar donde esten guardadas en el disco duro.

Para borrar una carpeta (disco) o fichero, simplemente lo seleccionas, y o bien con el boton derecho del raton (Eliminar) o con la tecla Supr se elimina de la bibilioteca, pudiendo elegir sin ademas borras el archivo del disco.

Desde ayer estoy usando la version 7 de iTunes y parece que va bien.


Un saludo.