No, hombre, no, no confundas las cosas; el IVA lo pagas tú como comprador en España, Amazon sólo lo "recoge" y se lo pasa a Hacienda, como hace cualquier otro vendedor.
Pero sus impuestos sobre sus ingresos y beneficios, esos los ha venido pagando fuera, aunque, como apunta tatoadsl, creo que eso ha cambiado recientemente y ahora han conseguido obligarles a tributar en España.