Ok, entnces lo que tienes que hacer es ajustar dichos parámetros hasta que cada canal por separado + subs (que supongo tendrás tu sistema de multisubs en mono (me refiero a funconando ambos subs a la vez para ambos canales; que es como el sistema multisub hace mejor su trabajo) te den la respuesta más plana de promedio en ambos canales).
Como en el cruce lo más probable es que por mucho que corrijas con los ajustes de sub no conseguirás que en ambos canales la zona de cruce quede igual de bien, el resto se ajusta tocando delay en el propio amplificador en las cajas principales; allí acabas de ajustar en lo posible si éste tuviera ajustes todavía más finos
Un saludete