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¿Se puede hacer algo para que escanee también esa otra carpeta, o estoy haciendo algo mal? He visto que en el script mig2 se codifica el path donde se encuentran las peliculas ( Movies_Path="/tmp/hdd/volumes/HDD1/movie/" ), pero no tengo los conocimientos suficientes de shell para "meterle mano".
Tal como está el script, como ya te ha dicho Chucky, es imposible pero nada impide modificar algunas cosas en mig2 para que se puedan escanear múltiples directorios. Por ejemplo, el directorio base se podría pasar como un argumento más al script. En vez de ejecutar

mig2 scan

podría ser

mig2 scan RUTA_A_ESCANEAR

No creo que los cambios necesarios fueran demasiados. Eso sí, como es evidente, para realizarlos se necesitaría unos conocimientos básicos de BASH (en realidad, el ASH de busybox) y unas pruebas para asegurarse que las cosas funcionasen correctamente.

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Por otro lado, ¿existe la posibilidad de programar alguna función para poder marcar algunas películas como "vistas" y poder ocultarlas o mostrarlas a voluntad?
Hombre, nada te impide añadir dicha información bien en info.xml o en TITULO_DE_LA_PELICULA.xml. Luego, habría que hacer algún que otro cambio en los menús rss (quizá también en los scripts php y/o bash) correspondientes para indicar dicho estado y para cambiarlo en el caso de que reprodujeras la película. Por supuesto, también se necesitarían ciertos conocimientos básicos de programación y del funcionamiento de los rss (la documentación está en internet).

Saludos.