Independientemente de lo flojas que fueran X-Men 3 y Lobezno, forman parte de la saga oficialmente; son los mismos personajes con los mismos actores, la misma continuidad... así que Singer puede decidir ignorarlas, pero el público las ha visto y las considera parte de la saga, puede notar esas contradicciones.
Aún así, incluso con las de Bryan Singer hay alguna cosa que no concuerda del todo:
Spoiler:
Pero bueno, en las precuelas es inevitable que ocurran ese tipo de cosas.