Pues por eso mismo. Se podría haber explicado en algún diálogo por ejemplo de Gordon que él mismo aclara que está en la prisión digamos "A" y que sigue preso.
Pero no se supone que todos los criminales los encierra Batman en Arkham...¿Y quién te dice que está en esa prisión
Ojo, que no me parece nada grave, ni siquiera un fallo, para nada, pero sí algo incoherente.