¿Te refieres a la animación tradicional o a la digital?
No soy ningún entendido en la materia, pero en la tradicional no solía haber directores de fotografía involucrados en los proyectos (excepto cuando alguna secuencia o todo el film se realizaba mediante el rotoscope, como El Señor de los Anillos de Bashki) y, hasta donde yo sé, en la animación digital su colaboración se restringe a la filmación de actores reales para posteriormente suplantarlos por actores digitales o al estudio de la continuidad lógica y al diseño de la luz (como directores de fotografía "virtuales", sin cámara ni fotómetro) para cada film, que en los últimos 8-10 años está viviendo extraordinarios avances.
Otro tema son películas de marionetas (Team America) o stop-motion (La Novia Cadaver, Wallace y Gromit), en las que debido a que están filmando elementos "reales" en un estudio sí que necesitan directores de fotografía en el sentido tradicional del término (exactamente igual que las unidades de efectos visuales que filman miniaturas, por ejemplo).
Saludos.