El enmascaramiento por exceso de graves es un fenómeno que no tiene nada que ver con el eco. El eco es un problema de reverberación muy retardada en el tiempo, tan retardada respecto al sonido que te llega directo como para que el oido distingua dos sonidos separados en vez de uno sólo.
Una caja encajonada lo que te va a dar es un realce en zonas más bajas de donde se produce el eco (generalmente dentro de la zona modal de la sala y por debajo del primer modo). Evidentemente ello te va a influir en el balance tonal que te llega al punto de escucha. Si una caja tiene mayor realce de graves que la otra se va a escuchar "más apagada también" ya que la sensación de "tono" depende del equilibrio de frecuencias que te llega al punto de escucha.
Si además escuchas "cierto eco" en elcentral es que tienes otro problema adicional a parte del exceso de graves. Para bajarlo lo suyo es colocar absorción en las zonas que lo producen (generalmente en los puntos de primera reflexión )
Un saludete