Bueno yo creo que no está fuera de lugar, la religión bajorana aparece en el primer capítulo y está presente toda la serie, Sisko es al principio un escéptico y acaba como dices... pero
el tema de los habitantes del agujero queda explicado, no son dioses son seres poderosos que habitan allí y punto, pueden ver el futuro y le dicen a Sisko que tendrá que pagar por el favorcito de liquidar a la flota Dominion
en ningún momento el tema queda sin explicación y no hay ningún resquicio para creerse lo de las divinidades, y hasta me parece bonito lo del personaje que llega con un destino y que lo cumple. Se cierra el círculo. Esto es muy utilizado en la ciencia ficción, desde Dune, hasta otras grandes sagas lo tratan incluso sin estar del todo razonado o explicado. Y en Dune si que hay brujería y mística a tutiplén. En DS9 la religión es un elemento ornamental, puramente decorativo que da lugar además a grandes episodios y tremendos debates.
Y sobre que DS9 no profundiza en el tema trek, no sé que serie habéis visto vosotros, pero yo veo una en la que a pesar de tener una trama principal con una guerra de trasfondo, se empeñan en sacar una y otra vez episodios de una humanidad y de un espíritu trekkie encomiables.
En Galactica es otro cantar, ahí si que parece que van ideando sobre la marcha y abusan del tema místico innecesariamente incluso para explicar la historia y concluir la serie.