Creo que no hay diferencia alguna en cuanto a contenidos se refiere.
Si te fijas en la fecha de lanzamiento, la más "lujosa" es de 2006, y la otra del 2009. Vamos, esto es simplemente el equivalente a las temporadas super-caras a 99 euros que teníamos aquí y que luego las re-editaron en "baratillo" a 54,95. Pués lo mismo, diferente traje.
Babylon 5 es y será una de las mejores series que he visto nunca. Buenos personajes, férrea continuidad, imaginación para hacer a las razas o las naves, "realismo" en los diseños(El destructor Terrestre Clase Omega es de mis favoritos, es el nieto de la Leonov de 2010)... escala épica. Y sus telefilms no están nada mal, especialmente "In the beginning", con la historia del conflicto Alianza Terrestre-Mimbari, una gozada.
Sí que sería difícil una restauración para la HD. Una solución sería cómo han hecho con la ST: TOS, efectos nuevos, y quién quiera ver los antiguos, por seamless branching o lo que sea. B5 con FX actuales, bién "hechos" y respetando lo original, se vería la mar de bién. Pero que se pueda ver también cómo se concibió originalmente.