Tío Ben se acerca al ladrón en su casa, se enfrenta a él e intercambian unas palabras. Ben dice que fue el destino quien los unió. El ladrón dispara a Ben.
Aparecen los créditos
Peter presta atención a su escáner de la policía. Masacre en la ESU. Decide ir a investigar. Introducen al Capitán Stacy . Peter mira la destrucción y encuentra una foto de dos personas que él reconoce. Richard y Mary Parker.
Peter tiene un flashback de sus padres entregándole a tío Ben cuando Peter era un niño.
Gwen y Peter van al colegio. Vemos las diferentes personas que hay en el instituto.
El Capitán Stacy informa a la fuerza policial sobre el incidente que tuvo lugar ese mismo día. Tienen la sospecha de que el “asesino” se abrió camino por medio del sistema de alcantarillado.
Peter sale de clase. La esposa de Curt y Billy Connors esperan a Curt fuera. Ellos le preguntan a Peter si han visto a Curt, y Peter les promete que lo encontrará.
Peter tiene una pelea con tía May cuando él le pregunta cosas sobre sus padres y ella no responde. Peter se desahoga yendo a balancearse [entiendo que vestido de Spider-Man].
George Stacy deja ir a uno de sus hombres al sistema de alcantarillado. Hay una escena al estilo Alien, donde el Lagarto liquida a este hombre. Spider-Man entra en acción. Empieza una batalla. Spidey coge un trozo de tela de la espalda del Lagarto.
Un hombre es asesinado por el Lagarto. Spider-Man permanece durante las últimas respiraciones de este hombre.
Flashback de Spider-Man capturando al asesino de tío Ben, y dejándole vivo y colgando del techo de un almacén. Capitán Stacy (por aquel entonces detective) se queda impresionado por la escena que ve.
Peter está en el colegio cogiendo herramientas y suministros para identificar el origen de la ropa (hay una escena divertida). Finalmente llega a la conclusión de que es Curt Connors.
Flashback de Peter trabajando en informe de regeneración con Curt Connors. Curt explica que el proyecto va a cambiar el mundo. El hecho de que lo está probando en sí mismo está implícito.
Corte de escena con Spider-Man en el Empire State. Agarrando los registros y cintas del experimento de Curt. Escucha cada cinta. Esta escena se intercala con otra donde se ve al Capitán Stacy yendo a la escena del crimen donde la destrucción del Lagarto está tras cada esquina.
Spidey camina por un pasillo y se enfrenta al Lagarto. Otra escena se desarrolla. Spider-Man hace un intento de hablar con Curt cuando está peleando. Sin embargo, el Largato es despiadado y contínua atacando.
Peter está destrozado tras la pelea. Se dirige a casa y se mete en la cama.
Peter está hablando con Gwen en la biblioteca. Ellos tienen una gran interacción, hasta que hay apariciones de los fallecidos tío Ben, Richard y Mary parker. Sus padres lo atormetan porque quieren justicia por sus muertes. En realidad, todo es una pesadilla.
Gwen recibe una llamada de teléfono a las 5 a.m. Peter la está esperando fuera y necesita a alguien con quien hablar sobre la pesadilla. Ella lo invita a su casa.
Peter conoce al Capitán Stacy. Él fue un amigo de tío Ben. Stacy muestra mucho interés en la vida de Peter. George Stacy deja la escena.
Peter echa un vistazo por la cocina. En una mesa, hay un archivo llamado ‘Richard y Mary parker’. Peter lo roba. Le agradece a Gwen y le dice que ella lo ha ayudado más que lo que ella cree.
Una escena alegre tiene lugar cuando Peter llama al instituto para avisar de que está enfermo. El diálogo entre el ‘enfermo’ Peter y el secretario es divertido.
Después de la llamada, Peter abre el archivo y empieza a leer.
Flashback de Richard y Mary Parker yendo a una misión. Richard se cuela en los laboratorios Oscorp y busca cualquier información sobre la desaparición de varios civiles. Mary distrae al jefe de seguridad, llamado Nels Van Adder, mientras tanto. Richard consigue entrar en las instalaciones y descubre que se está experimentando con los civiles desparecidos. Hay referencias hacia otros villanos. Richard recoge las evidencias. Por su parte, Mary coquetea con Nels Van Adder y consigue extraerle algo de información sobre Norman Osborn. Richard y Mary han cumplido con su misión y regresan al vehículo para huir. Nels Van Adder inmediatamente llama a Norman Osborn para explicarle la situación, y vemos como el coche de la fuga explota por completo. Mary y Richard Parker están muertos.
Peter está en estado de shock. Se muestra en un estado de ira y tía May intenta consolarlo. Peter le pide perdón a May por su anterior enfado.
Peter se da cuenta de que no puede arreglar el pasado y escucha las cintas de Curt Connors en clase mientras su profesor explica la lección. Peter se las arregla para responder a las preguntas que le hace su profesor, así como para averiguar la fórmula del antídoto. Mientras sus compañeros trabajan en crear una disolución, Peter está creando el antídoto.
Gwen Stacy pone la mesa para cenar. El capitán Stacy y Gwen hablan sobre Peter y cómo a ambos le caen bien. Él le dice a ella que tiene trabajo pendiente y que regresará en pocas horas.
Peter trabaja en sus deberes mientras escucha el escaner de la policía. Oye una llamada que encaja con la descripción del Lagarto. Peter se viste. Tía May le pide desea seguridad mientras él sale de la casa.
La dirección de la llamada es el almacén donde el asesino de Ben fue capturado.
La escena se mezcla entre la del Capitán Stacy conduciendo hacia la escena del crimen, la de Spider-Man balanceándose, y la esposa y el hijo de Curt viendo las noticias.
A medida que el gran almacen va siendo visible hay un Flashback del Capitán Stacy. En él se ve a George Stacy mirando al asesino [de tío Ben] metido en la telaraña de Spider-Man. Esa era la primera vez que cualquier agente de policía veía algo tan increíble. George ve a Spider-Man en un edficio cercano.
Los agentes corren hacia dentro del almacén. La batalla final comienza entre Spider-Man y los agentes, contra El Lagarto. Hay mucho derramamiento de sangre.
El almacén empieza a caerse a pedazos. El Capitán Stacy salva a uno de sus agentes de unos escombros que caían, costándole su propia vida. Spider-Man usa el antídoto en el Lagarto, transformándolo de nuevo en humano. Spider-Man va hacia el moribundo Capitán y éste le dice: ‘Lo hiciste bien chico’. Gwen está llamando a su teléfono móvil mientras Stacy toma su último aliento. Stacy muere en los brazos de Spider-Man.
La escena final: Gwen y los agentes están el funeral. Spider-Man mira desde la distancia. La esposa de Curt y su hijo van caminando mientras ven como Curt surge del principio de la calle, corren hacia él y lo abrazan. El archivo de Richard y Mary está en el despacho de NYPD [abreviatura de New York City Police Department]. Norman Osborn se da cuenta de que tiene el televisor encendido. Las noticias muestran al NYPD rodeando su ático. La policía llama a su puerta gritando que tienen una orden de arresto. Se ve nota en una mesa que dice: ‘De su amistoso vecino Spider-Man’. Peter, tía May y Gwen ayudan a empaquetar alguna de las cosas de Gwen. Peter se da cuenta de una puerta que conduce al ático. Cientos de miles de copias de casos sin resolver decoran el ático. Spider-Man está dispuesto a resolverlos todos. Tenemos un giro final.
A lo largo de la película, Peter ha narrado la historia y hemos descubierto lo que pasa por su cabeza. Los créditos del comienzos van a ser como los de ‘Watchmen’, con Spider-Man peleando con delincuentes menores.